لايزال البعض في الأردن يتساءل عن الأهداف الأمنية التي حققها الأردن من اتفاقية وادي عربة بعد ٢١ عاما من التوقيع، باعتبار الجانب الأمني يطغى على الأهدف الأخرى في الاتفاقية، حيث تضمنت المعاهدة مواد تتعلق بإقامة السلام والأمن والمبادئ العامة بين الدولتين والاعتراف بالحدود المرسومة بينهما وإقامة العلاقات الدبلوماسية والثنائية، إضافة إلى تحديد أوضاع اللاجئين وتقسيم المياه المشتركة.

وفي هذا الصدد يقول رئيس الديوان الملكي الأسبق عدنان أبو عودة أن الهدف الرئيسي للأردن من توقيع هذه الإتفاقية تمثل بضمان حالة السلام من خلال بناء دولة فلسطينية، رغم عدم تحقهه حتى هذه الأيام.

ويعتقد أبو عودة أنه ومن الناحية الأمنية لا زال الأردن "قلقاً"، ومازالت مخاوفه من الجهة الأمنية موجودة بسبب عدم إقامة الدولة الفلسطينية التي كان من المقرر أن تقام منذ 15 عاما حسب الإتفاقية، مما يعزز فكرة الوطن البديل، ليخلص في النهاية إلى أن وادي عربة "لم تجلب لنا الاطمئنان الذي تصورناه عام ١٩٩٤".

ويذهب رئيس جمعية مناهضة الصهيونية إبراهيم علوش إلى أن إسرائيل تعتبر الأردن "وطناً فلسطينياً بديلاً" في ضوء ارتفاع أصوات الكنيست الإسرائيلي ومناقشتهم علنا بأنه يفترض بالأردن أن يتحول لـوطن بديل للفلسطينيين وغير الفلسطينيين.
من ناحية مغايرة يتساءل وزير الصحة في ذاك الوقت الدكتور كامل أبو جابر "ما البديل لحماية الفلسطينيين عن معاهدة وادي عربة؟، إذ يرى بأنه يجب النظر لمعاهدة وادي عربة في ضوء الواقع العربي في ذلك الحين حتى يومنا هذا, فالاختفاء والضعف العربي عسكريا وسياسيا عن الساحة العربية جعل من المعاهدة السلاح الوحيد الباقي بيد العرب لحماية للشعب الفلسطيني والمقدسات الدينية في القدس، حسب قوله.

رئيس مركز دراسات الشرق الأوسط جواد الحمد يعارض أبو جابر، فيقول "إن المعاهدة لم تكن بصالح الفلسطينيين على الإطلاق" ويضيف أن إسرائيل لم تتخلَ عن فكرة تضمين الأردن بوعد بلفور.

ويحدد الحمد إشكالية المعاهدة للفلسطينيين والمقدسات الإسلامية وفكرة الوطن البديل بعدة وجوه، أولها تضمين المعاهدة لمسألة اللاجئين بالمادة الثامنة (ب) بأن يتم توطين اللاجئين، وثانيا بأن إسرائيل لم تعترف بوصاية الأردن على المقدسات الإسلامية وإنما تضمنت المعاهدة أن "تحترم" إسرائيل دور الأردن في الأماكن الإسلامية والقدس عبر المادة التاسعة من المعاهدة.

ويوضح إبراهيم علوش أن مسألة الانتهاكات الإسرائيلية للمقدسات الإسلامية المستمرة منذ توقيع المعاهدة قد أثيرت مراراً في الصحافة وفي مجلس النواب الأردني، في ظل تحسن العلاقات الرسمية الأردنية الإسرائيلية ولكن الأردن لم يتخذ موقفا صارما بشأنها.

وفيما يتعلق بإشكالات المعاهدة الأخرى حسب الحمد  فتمثلت بإهمال الجانب الفلسطيني في ما يتعلق بتقسيم مياه "اليرموك"، إضافة إلى انعدام الاستفادة العسكرية الأردنية الإسرائيلية عبر التبادل للأدوات العسكرية وهو أمر لم يجن الأردن من خلاله ربحا وهذا يؤكد أنه قد تنازل بتوقيعه لاتفاقية وادي عربة حسب قوله.